O crescimento e desenvolvimento do algodoeiro é controlado pelos hormônios vegetais que são sintetizados naturalmente pela planta. Os fitormônios atuam para melhorar a tolerância dos estresses bióticos e abióticos, crescimento da parte aérea e das raízes, melhor pegamento das estruturas reprodutivas, alongamento da fibra e resistência da fibra e senescência da planta.
Os hormônios vegetais mais estudados na cultura do algodoeiro são as auxinas, giberelinas, citocininas, ácido abscísico, ácido jasmônico e etileno. Em seguida iremos relatar os principais efeitos desses fitormônios na cultura do algodoeiro.

Desempenham um papel crucial no desenvolvimento das raízes, dominância apical, diferenciação vascular, também tem papel fundamental no desenvolvimento da fibra do algodão, atuando no alongamento da fibra e no espessamento da parede celular da fibra.
É um hormônio que regula a germinação de sementes, o alongamento do caule e o desenvolvimento das maçãs. Também o melhor suprimento de giberelina melhora a elongação da fibra do algodão. A aplicação de ácido giberélico aumenta a concentração de auxina e ácido abscísico durante o estágio de desenvolvimento da fibra e também pode melhorar a resistência da fibra, micronaire, porém isso pode ser dependente das condições ambientais. Normalmente na cultura do algodoeiro são aplicadas moléculas que reduzem a síntese de giberelinas (cloreto de mepiquate), com objetivo de deixar a planta mais compacta, melhorar o pegamento de frutos e facilitar a colheita.
Atuam na divisão celular, senescência de tecidos e órgãos vegetais e dominância apical, também tem papel fundamental no desenvolvimento do óvulo. A citocinina é necessária principalmente para o desenvolvimento de sementes e desempenha um papel negativo no crescimento de células de fibra do algodão.
Está envolvido principalmente na dormência das sementes e na resposta ao estresse. Também existe uma relação direta entre o teor de ácido abscísico nas fibras, e o índice de fibras curtas, sendo que a concentração de ácido abscísico é maior em fibras curtas.
É biossintetizado a partir do ácido linolênico. O ácido jasmônico tem papel fundamental na resposta ao estresse abiótico e biótico, além de regular aspectos do crescimento e desenvolvimento das plantas, incluindo inibição do crescimento, desenvolvimento de tricomas, abscisão foliar e senescência. O ácido jasmônico também contribui para a iniciação da fibra de algodão.
Atua principalmente na maturação dos frutos, além de desempenhar papel fundamental no crescimento das plantas, regulando processos como o desenvolvimento de pêlos radiculares, o crescimento do hipocótilo e a formação do meristema apical. Isso é um ponto importante uma vez que o maior volume de pêlos radiculares melhoram a eficiência na absorção dos nutrientes. O etileno também está associado ao maior alongamento da fibra.